El 5 de mayo del año 1939 por Decreto del Poder Ejecutivo se crea la 5ta
Circunscripción y la Subprefectura del Puerto del Carmelo (SUBCA). Siete años después,
luego de finalizar la construcción de un edificio, comenzó allí a funcionar la
Subprefectura del Puerto de Carmelo.
En el año 1992 se pasa a denominar como Subprefectura, con jurisdicción desde
el km 93 hasta el km 145.5 del Río de la Plata.
Desde el año 1998 se tiene el control del Canal Martín García desde el Km. 39 en
Barra El Farallón, hasta el Km 145.5 paralelo con Punta Gorda, en conjunto con la
Prefectura Naval Argentina.
Sus funciones principales son: actividades de policía marítima, la salvaguarda de
la vida humana en el mar, la protección de la contaminación del medio marino, el control
del tráfico marítimo, la intervención en el abanderamiento de buques y cumplimiento
de funciones registrales, entre otras tareas que se realizan como apoyos a otras
instituciones.