El 5 de mayo del año 1939 por Decreto del Poder Ejecutivo se crea la 5ta Circunscripción y la Prefectura del Puerto del Carmelo. Siete años después, luego de finalizar la construcción de un edificio, comenzó allí a funcionar la Prefectura del Puerto de Carmelo.
En el año 1992 se pasa a denominar como Sub Prefectura, con jurisdicción desde el km 93 hasta el km 145.5 del Río de la Plata.
Desde el año 1998 se tiene el control del Canal Martín Garcia desde el Km. 39 en Barra El Farallón, hasta el Km 145.5 paralelo con Punta Gorda, en conjunto con la Prefectura Naval Argentina.
Esta mañana la Armada Nacional desde su cuenta en Facebook saludó «a toda su dotación en su 82⁰Aniversario.»