Creada el 6 de Junio de 1934, donde tenía como límites de jurisdicción la desembocadura del Arroyo Conchillas y Desembocadura del Arroyo Cufré, la Prefectura del Puerto de Colonia comprende las aguas del Rio de la Plata, desde la Punta Pavón hasta el KM 0 del Río Uruguay y depende del Jefe de la Circunscripción del Río de La Plata . Tiene como unidades subordinadas, a la Sub Prefectura del Puerto de Carmelo y Sub Prefectura de Juan Lacaze.
Su misión es mantener el orden público, ejercer el control de la seguridad de la navegación como autoridad policial en la áreas, marítima fluvial y lacustre, en jurisdicción de la Armada e intervenir en el abanderamiento de buques y cumplir funciones registrales.
A su vez participa constantemente en dar apoyo por intermedio del comité de emergencia a las necesidades y requerimientos de la sociedad, como por ejemplo lo es en la actualidad en la lucha y el combate al coronavirus Covid 19.